Natürliche Gefährdungsfaktoren sind Prädation, also die Beziehung zwischen Räuber und Beute, aber auch ein ungünstiger Witterungsverlauf während der Brut- und
Aufzuchtzeit, im Überwinterungsquartier oder auf dem Zug können die Bestände stark beeinflussen. Eine große Gefahr für
Wiesenbrüter liegt zudem auch außerhalb Bayerns, da den meisten Wiesenbrüterarten in anderen Ländern während der Zugzeit gezielt nachgestellt wird.
Weitere negative Einflussfaktoren sind die Entwässerung von Feuchtwiesen und die damit oft einhergehende Intensivierung der Landwirtschaft, die für erhebliche
Veränderungen im Lebensraum der Wiesenbrüter gesorgt hat. Wiesen wurden in der Vergangenheit zunehmend in Ackerland umgewandelt oder die Beweidung
intensiviert, Düngung und häufige Mahd lässt magere, lichte Wiesen, die von den
Vögeln bevorzugt als Brutplatz genutzt werden, verschwinden. Die Abnahme des
Artenspektrums und die Menge an Wirbellosen als Nahrungsgrundlage sind die
Folge. Frühe Schnittzeitpunkte und Bearbeitungsgänge oder zu häufige Bewirtschaftungsgänge zerstören zudem oft die Gelege der Vögel.
Auch die Freizeitnutzung in Schutzgebieten und freilaufende Hunde und Katzen stören die Vögel bei der Jungenaufzucht und führen zu hohen Verlusten.