Schon vor dem Bau des Flughafens wurde das Erdinger Moos durch die Errichtung von Bächen und Gräben zur Senkung des Grundwasserspiegels für die Landwirtschaft geprägt, wodurch sich Landschaft und Wasserhaushalt deutlich veränderten. Daher hatte man beim Bau des Flughafens München besonders darauf geachtet, weitere Auswirkungen möglichst gering zu halten. Dafür war eine umfassende Neuordnung der bestehenden Bäche und Gräben notwendig.
Das Wasser aus dem südlichen Einzugsgebiet wird über eine unterirdische Überleitung auf die Nordseite des Flughafens geführt und dort kontrolliert in die ursprünglichen Gräben verteilt. Ein Überwachungssystem misst kontinuierlich Wasserstände und Abflüsse und steuert die Verteilung des Wassers auf die einzelnen Gräben sowie Versickerungsanlagen.
Diese Gewässerneuordnung schützt den Flughafen vor Hochwasser und sorgt gleichzeitig dafür, dass sich die Hochwassergefahr für die Umgebung nicht erhöht.
