Zwischen dem Flughafen München und der Innenstadt verkehren die S-Bahn Linien S1 und S8 im 10-Minuten-Takt. Die S1 fährt über den Münchner Westen, die S8 über den Münchner Osten. Eine Fahrt zwischen dem Flughafen München und dem Hauptbahnhof dauert ca. 40 Minuten.
Am Flughafen hält die S-Bahn an zwei Stationen:
Besucherpark
- Parkbereiche P41, P80, P90
- Besucherpark
- Verwaltung, Speditionen etc.
Flughafen München
- Terminal 1 und 2
- Endhaltestelle der Linien S1 und S8